Mục tiêu của Đề án là nâng cao năng lực bảo đảm an ninh hàng hải nhằm triển khai thực hiện đầy đủ, toàn diện các quy định của Bộ luật Quốc tế về an ninh tàu biển và cảng biển (Bộ luật ISPS); Bảo đảm an ninh hàng hải nhằm thu hút đầu tư, phát triển thương mại hàng hải, kinh tế biển, kết hợp chặt chẽ và hiệu quả với nhiệm vụ đảm bảo vững chắc quốc phòng an ninh, khai thác bền vững nguồn tài nguyên biển theo Chiến lược Việt Nam đến năm 2020 và thực hiện Quy hoạch phát triển cảng biển, Quy hoạch phát triển vận tải biển đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 đã được phê duyệt.
Từ nay đến năm 2015, sẽ hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về bảo đảm an ninh tàu biển và cảng biển; hoàn thiện cơ cấu tổ chức, quản lý an ninh; nâng cao năng lực, quản lý, trình độ nghiệp vụ, thực hành của cán bộ quản lý an ninh, cán bộ an ninh tàu biển, cảng biển; đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, phương tiện, thiết bị kỹ thuật cho các Cảng vụ hàng hải tại các khu vực trọng điểm; xây dựng quy chế phối hợp giữa các cơ quan, đơn vị liên quan về an ninh tàu biển, cảng biển.
Giai đoạn tiếp theo 2016 - 2020 tiếp tục đầu tư nâng cấp cơ sở hạ tầng, phương tiện, thiết bị kỹ thuật hiện đại phục vụ cho công tác quản lý an ninh của các Cảng vụ hàng hải, các cơ quan, đơn vị liên quan của Bộ GTVT; hoàn thiện chương trình đào tạo, huấn luyện, cơ sở vật chất cho các cơ sở đào tạo.
Giai đoạn sau 2020, bảo đảm đầy đủ cơ sở hạ tầng, phương tiện, trang thiết bị phục vụ cho công tác bảo đảm an ninh tàu biển và cảng biển; bảo đảm thực hiện đầy đủ, toàn diện quy định của Bộ luật Quốc tế về an ninh tàu biển và cảng biển, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp trong lĩnh vực hàng hải hoạt động hiệu quả.