Quyết định được đưa ra sau khi các thành viên của Hội đồng bỏ phiếu tán thành và Hội đồng thẩm định Nhà nước đã báo cáo Thủ tướng kết quả thẩm định. Tuy nhiên, vẫn còn một số điểm khiến Hội đồng thẩm định Nhà nước còn quan ngại.
Thứ nhất, báo cáo đầu tư chưa luận giải được những điều kiện, căn cứ để Cảng (HKQT) Long Thành có thể trở thành cảng trung chuyển quốc tế. Thứ hai, so với báo cáo giải trình cách đây hai tháng, lần này chủ đầu tư đã rút gọn quy mô cảng Long Thành trong giai đoạn đầu xuống còn một đường cất, hạ cánh và nhà ga với công suất 17 triệu khách/năm. Thế nhưng, Hội đồng thẩm định chưa rõ lý do vì sao báo cáo lần này lại xác định quy mô giai đoạn I như vậy. Thứ ba là về huy động vốn cho dự án. Do những tồn tại nêu trên, Hội đồng thẩm định Nhà nước đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ GTVT chỉ đạo ACV hoàn thiện những vấn đề này trước khi Bộ GTVT thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ báo cáo Quốc hội.