Theo Quy hoạch GTVT Hà Nội, ga Hà Nội chỉ là ga lập tàu khách và trung chuyển hành khách giữa các tuyến
Theo Quy hoạch giao thông vận tải Thủ đô Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 vừa được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 519/QĐ-TTg ngày 31/3/2016, mạng lưới đường sắt khu vực Hà Nội được quy hoạch chi tiết từ kết cấu hạ tầng đến vận tải.
Trong đó, tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc – Nam đi qua thành phố Hà Nội bắt đầu từ Ga Hà Nội, đi theo hướng song song với đường sắt Thống nhất hiện tại. Đối với đường sắt vành đai, sẽ ưu tiên xây dựng nhánh phía Đông bắt đầu từ ga Thạch Lỗi – Bắc Hồng – Đông Anh – Việt Hùng (Cổ Loa mới) – Yên Viên- Lạc Đạo – cầu Mễ Sở - Ngọc Hồi. Đường sắt vành đai nhánh phía Tây sẽ được xây dựng mới, bắt đầu từ ga Thạch Lỗi – cầu Hồng Hà – Phùng – Vân Côn – Ngọc Hồi đi dọc theo phía ngoài đường Vành đai 4. Bố trí một ga lập tàu hàng ngoài Vành đai 4 tại khu vực huyện Thường Tín khi nhu cầu vận chuyển hàng hóa thông qua tuyến đường sắt vành đai tăng cao.
Sau khi xây dựng xong một trong hai nhánh đường sắt vành đai phía Đông hoặc phía Tây, chuyển toàn bộ chức năng tuyến đường sắt vành đai hiện có thành đường sắt đô thị.
Có 5 tuyến đường sắt hướng tâm, bao gồm: Tuyến đường sắt xuyên tâm Yên Viên – Ngọc Hồi phục vụ vận tải hành khách sẽ được cải tạo và xây dựng chủ yếu đi trên cầu cạn, chạy chung đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị Tuyến số 1. Đối với tuyến hiện có sẽ cải tạo và xây dựng tuyến đường sắt khổ đôi, điện khí hóa, khổ 1.435mm, bắt đầu từ ga Yên Viên. Tuyến Hà Nội – Đồng Đăng, Hà Nội - Thái Nguyên: cải tạo tuyến hiện có và xây mới tuyến đường sắt khổ đôi 1.435mm bắt đầu từ ga Yên Viên.
Tuyến Hà Nội – Hải Phòng, cải tạo tuyến hiện có và xây mới tuyến đường sắt khổ đôi 1.435mm, bắt đầu từ ga Lạc Đạo cho tàu hàng, ga Phú Thụy cho tàu khách.
Hệ thống ga đường sắt quốc gia tại khu vực Hà Nội bao gồm 6 ga lập tàu, 6 ga quan trọng và 6 ga trung gian. Trong đó ga Hà Nội chỉ lập tàu khách và là ga trung tâm trung chuyển của đường sắt quốc gia, đường sắt đô thị và hệ thống giao thông công cộng khác. Ga Bắc Hồng chủ yếu lập tàu hàng.
Ngoài ra, Hà Nội sẽ tổ chức các tuyến đường sắt nội vùng trên hạ tầng đường sắt quốc gia để kết nối với các đô thị có bán kính cách trung tâm 50 - 70km.
Cũng theo Quy hoạch, hệ thống đường sắt đô thị trung tâm sẽ có 9 tuyến đường sắt để kết nối với các đô thị vệ tinh. Ngoài ra, còn có các tuyến tàu điện một ray (monorail) nhằm hỗ trợ và khai thác tốt hơn cho toàn bộ hệ thống đường sắt đô thị.
Xây dựng 5 cầu đường sắt đô thị qua sông Hồng, trong đó có cầu vượt sông Hồng Tuyến số 1, còn cầu Long Biên hiện tại được cải tạo, nâng cấp cho đường bộ đi riêng. Để đảm bảo an toàn giao thông tại các nút giao cắt giữa đường bộ và đường sắt quy hoạch, sẽ tổ chức nút giao khác mức.