Kết quả thanh tra đối với từng dự án cụ thể được đoàn Thanh tra lập và công bố theo quy định. Khi kết thúc Kế hoạch thanh tra, Bộ KH&ĐT sẽ tổng hợp chung kết quả thanh tra 17 dự án, dự kiến sẽ báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 01/2016.
Ngày 08/9, Bộ GTVT có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, báo cáo giải trình và tiếp thu một số nội dung trong kết luận thanh tra.
Bộ cũng trình bày một số vấn đề về cách tính tổng mức đầu tư... để làm rõ hơn các nội dung kết luận thanh tra.
Theo đó tổng mức đầu tư là căn cứ ban đầu để dự tính thời gian hoàn vốn phục vụ đàm phán, lựa chọn nhà đầu tư.
Thời gian thu phí chính thức được quyết định theo giá trị quyết toán công trình nên phần kinh phí chênh lệch giữa tổng mức đầu tư và chi phí thực tế đầu tư không phải là thất thoát, lãng phí hoặc khai khống tổng mức đầu tư để kéo dài thời gian thu phí.
Khi Bộ KH&ĐT báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả thanh tra 17 dự án, Văn phòng Chính phủ sẽ tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.